In Pillars of Eternity stehen dem Spielercharakter bis zu 16 mögliche Begleiter zur Seite. 8 davon sind eigenständig Charaktere, weitere 8 sind Abenteurer, die wahlweise angeheuert werden können. Sämtliche möglichen Begleiter soll der Spieler noch etwa vor dem Abschließen der ersten Hälfte des Spiels kennenlernen können.
Jeder Charakter hat eine eigene Hintergrundgeschichte, besondere Gegenstände und Quests die mit in den Handlungsverlauf gewoben sind. Die Begleiter werden für den eigentlichen Spielverlauf jedoch nicht zwangsweise benötigt. Der Spieler kann selbst entscheiden, wen und wieviele (bis zu max. fünf Begleiter) Gefährten er mit auf die Reise nehmen möchte. Falls gewollt, kann das Spiel auch komplett im Alleingang absolviert werden.